La majeure partie des dossiers a trait à la prison départementale de Belfort, appelée maison d'arrêt et de correction. En tant que maison d'arrêt, elle reçoit les prévenus, en tant que maison de correction, les condamnés à l'emprisonnement. L'incarcération dure moins de 6 jours pour les peines de simple police, les contraventions, et de 6 jours à 5 ans pour les peines correctionnelles qui sanctionnent les délits.

La maison d'arrêt et de correction reçoit également les condamnés par contrainte de corps, les condamnés de passage et les détenus par mesure administrative. Les condamnés dont la peine ne dépasse pas un an sont incarcérés au lieu où le jugement a été rendu, mais ils peuvent obtenir la faveur de choisir leur lieu de détention.

Les maisons de transfèrement ou dépôts de sûreté, anciennes prisons cantonales reçoivent les condamnés de passage lors de leur transfert vers leur destination pénale.

Les jeunes détenus sont le plus souvent orientés vers des établissements pénitentiaires spécialisés dans l'accueil des mineurs. Les filles sont transférées pour la plupart dans la maison d'éducation correctionnelle de Ribeauvillé, créée en 1854 et dirigée par les Sœurs de la Divine Providence de Ribeauvillé. En 1872, après la cession de l'Alsace-Lorraine à l'Allemagne, les jeunes détenues se voient transférées à Bavilliers au foyer Sainte Odile. Les sœurs s'attachent à trouver pour celles-ci un employeur en fonction leurs qualifications ou leurs aptitudes.

Les garçons sont envoyés dans les colonies de Cîteaux (Côte-d'Or), Frasne-le-Château (Haute-Saône), ou celle du Val d'Yèvre (Cher). Les colonies agricoles ne reçoivent que des acquittés ; les colonies pénitentiaires accueillent des acquittés et des condamnés à un emprisonnement de six mois à deux ans.

Les condamnés sont, à leur arrivée à la maison d'arrêt, inscrits sur des registres d'écrou, répartis par catégories pénales. Ces détenus sont emprisonnés dans des quartiers séparés et obéissent à des régimes différents : les prévenus et les accusés ne portent pas le costume pénal, ils peuvent se procurer des vivres supplémentaires à la cantine, louer à l'entrepreneur des services économiques, du linge et des effets, et peuvent recevoir des visites. Les détenus pour dettes sont soumis au régime des condamnés mais ne sont pas obligés de travailler. Les condamnés obéissent au régime pénal et pénitentiaire : port du costume, coupe des cheveux et de la barbe, travail obligatoire, régime alimentaire spécifique (pain et soupe). Ils gagent un petit pécule qui leur permet de se procurer des vivres supplémentaires.

Les détenus qui réclament leur encellulement ne voient pas aboutir leur demande ; en effet, une circulaire du 17 août 1853 met fin aux réformes favorables à l'isolement cellulaire. De même, les femmes sont séparées des hommes et les enfants de moins de 16 ans des adultes.

Malgré ces mesures, la promiscuité règne. Les épidémies sont courantes (choléra, typhoïde), et on recense de nombreux cas de maladies vénériennes, ce qui pousse l'administration pénitentiaire à mettre en place un service contre ce type d'infection.

Les maisons d'arrêt et de correction, les chambres et les dépôts de sûreté appartiennent au département qui prend en charge la construction, les projets d'agrandissement et la réfection des bâtiments. Le chercheur se reportera à la série N, (sous-série 4 N consacrée aux bâtiments départementaux, en l'occurrence la maison d'arrêt et de correction de Belfort.

Les condamnés à moins d'un an et un jour d'emprisonnement sont à la charge du département dont ils sont originaires. Les condamnés à plus d'un an d'emprisonnement et à la réclusion, sont à la charge de l'Etat. Les jeunes délinquants acquittés, qui doivent subir un emprisonnement avant d'être rendus à leurs parents, sont à la charge du département.
Une circulaire ministérielle du 17 mai 1855, relative à la loi de finances, met à la charge de l'Etat les frais d'entretien et de transfert de tous les condamnés, sans exception. Les services économiques de la prison de Belfort sont assurés, à partir de 1857, par l'entrepreneur Bloc, qui exploite l'ensemble des prisons départementales du Haut-Rhin. Par la suite, les Sœurs de la Providence, puis d'autres entrepreneurs, prendront le relais pour la prison de Belfort.
L'entrepreneur, désigné par voie d'adjudication au rabais, fournit au détenu l'habillement, la nourriture, le couchage, subvient aux dépenses de chauffage, d'éclairage et d'entretien, en échange d'un prix de journée variable et d'une partie du produit du travail des détenus.

L'administration pénitentiaire contrôle le fonctionnement des prisons grâce aux conseils de surveillance et aux conseils d'inspection. Les maisons d'arrêt et de correction et les dépôts de sûreté sont inspectés régulièrement par le directeur de la maison centrale d'Ensisheim puis par le directeur des prisons départementales et, tous les ans, par un directeur général des prisons.

Le fonds préfectoral est entré à une date indéterminée. 63 dossiers souvent complémentaires de ceux déjà versés sont arrivés aux Archives départementales du Territoire de Belfort en 2001, par dévolution des Archives départementales du Haut-Rhin.

La sous-série 1 Y, fonds de la Préfecture est particulièrement intéressante puisqu'on y trouve tous les projets de construction et agrandissement de la maison d'arrêt et de correction de Belfort depuis la construction en 1829 jusqu'aux projets non aboutis du début XXe siècle. Cette partie (1 Y 16-26) comporte de nombreux plans aquarellés illustrant toutes les étapes.
Les rapports de police et les enquêtes des directeurs sur les détenus, prouvent que les évasions sont nombreuses à Belfort.
Les gardiens éprouvent des difficultés avec leurs prisonniers. Ceux-ci font preuve d'insubordination. Les gardiens, quant à eux, ne sont pas toujours intègres, comme en témoignent les plaintes des détenus à leur encontre. Les dossiers de carrière des fonctionnaires sont cependant assez succincts. Le climat tendu est entretenu par l'insalubrité et les conditions de détention.
Les évasions chez les jeunes délinquants et délinquantes sont fréquentes bien que l'administration pénitentiaire s'emploie à leur fournir une certaine éducation morale (voire religieuse), de l'instruction, ou à leur apprendre un métier. A Bavilliers, on encourage les jeunes filles à passer le certificat d'études, on les récompense pour leur bonne conduite.

Les éliminations ont porté sur les frais de transfèrement des détenus, les frais de tournées des directeurs. Ces dépenses sont reportées dans le budget (voir comptabilité, 1 Y 17-36). Par contre, les frais de transfèrement de Bavilliers sont conservés, dans la mesure où ils indiquent les mouvements de population. Il n'y a pas de registre d'écrou à Bavilliers, néanmoins le chercheur se reportera au bulletin de population, aux avis de désignation des jeunes détenues pour le foyer Sainte-Odile, et aux bulletins de libération pour connaître les entrées et sorties des détenues.