Déjà habité à la période gallo romaine (des vestiges d'habitations et de routes ont en particulier été découverts), la plus ancienne mention écrite connue du village de Bourogne remonte à 1222 dans une charte de Gérard de Rougemont, archevêque de Besançon.

Souveraineté: le village appartient au saint Empire Romain Germanique jusqu'aux traités de Westphalie en 1648, où il revient au royaume de France.

Suzeraineté: seigneurie particulière, elle est partagée entre deux seigneurs: la famille de Brinighoffen et à partir du XVIIIe siècle, la famille de Mazarin.

Le blason de la seigneurie de Bourogne est celui de la famille de Brinighoffen: d'argent à une pointe de gueule.

Situation au XVIIIe siècle: le registre de la subdélégation de Belfort rédigé en 1751 mentionne que le village est composé de 79 feux comprenant en particulier 40 laboureurs et 32 pionniers. Le troupeau est formé de 16 bœufs, 49 vaches et 103 chevaux «petits et en mauvais état».

Le territoire est de 3 238 arpents dont 1 521 journaux de champs, 1 200 arpents de bois qui appartiennent aux seigneurs « qui donnent du bois aux habitants en suffisance pour les bâtiments et le chauffage» et 477 fauchées de prés, ceux-ci de bon rapport(10 à 20 quintaux de foin) sont souvent inondés. Pour remédier à cela, il suffirait de donner à la rivière «un débouché plus grand en dessous du village» et creuser « un canal au dessus au travers des prés». Il y a également 40 arpents d'étangs contenant près de 2000 carpes et un moulin

Paroisse: elle a toujours appartenu au diocèse de Besançon.

Evolution démographique: de 79 feux en 1751, le village passe 912 habitants en 1856, puis 1102 en 1876. Après cette date, le chiffre de la population décline régulièrement (1029 habitants en 1886, 646 en 1922, 578 en 1947) puis la population augmente de nouveau (838 habitants en 1962, 2151 en 1983 grâce à la présence des militaires).

Blason: la commune possède un blason: d'azur à un mouton d'argent surmonté de la lettre B

Situation administrative actuelle: la commune dépend du canton de Grandvillars.

Fonds entré par dépôts succésifs en 1974, 1986, 2013 et 2015