D'abord dans la souveraineté de l'Empire germanique jusqu'aux traités de Westphalie de 1648, puis dans celle du Royaume de France, Essert a été avec son petit château le siège d'une minuscule seigneurie qui a compris, semble-t-il jusqu'à la fin du XVIe siècle, outre le village lui-même, une partie de ceux de Bavilliers et de Fontenelle. Une série de familles nobles l'ont possédée successivement : Beaumotte à la fin du XIVe siècle, Grammont à partir de 1466, Pucher, Ortenburg-Salamanca en 1528, Landenberg (1591), Roppe et finalement Klinglin au XVIIIe siècle. D'abord tenue en fief des comtes de Montbéliard, puis des comtes de Ferrette et de leurs successeurs, depuis 1327, les Habsbourg d'Autriche, la seigneurie est transformée en alleu au profit des Ortenbourg au XVIe siècle. Elle conserve ce statut sous la souveraineté française, dans le cadre de la province d'Alsace.
 
Le village constituait une paroisse (Saint Léger), du diocèse de Besançon jusqu'à la Révolution (puis Colmar ; Strasbourg 1801-1873, puis de nouveau Besançon jusqu'en 1979).
 
La commune placée sous la Révolution dans le canton de Belfort, en a été distraite le 9 août 1967 au profit du nouveau canton de Valdoie.
 
En 1751, le village a 54 feux (environ 250 habitants) 130 fauchées de prés, 300 journaux de champs, 400 arpents de bois qui suffisent à son chauffage. La proximité de la route de Langres lui confère une certaine aisance. En 1801, il aura 488 habitants, 752 en 1846 ; après une diminution, sa population remontera après la guerre de 1870 pour atteindre 95 habitants en 1911, 1 175 en 1954 ; la progression s'accélère ensuite en liaison avec l'urbanisation de la couronne belfortaine. Essert a 2 487 habitants en 1982. La commune ne s'est pas industrialisée, elle est devenue commune dortoir, sans perdre complètement sa vocation agricole première.
 
Cet accroissement démographique très rapide a contraint la municipalité à développer ses équipements et à planifier son extension : adhésion au district urbain (1974) pour les problèmes d'eau et d'assainissement ; nouveau groupe scolaire (1976), lotissement (1977), Z.A.C., etc.

Archives déposées par la commune en 1975 et 1983.